Karena hal Perguruan Tinggi bersangkutan dengan Kementerian lain-lain, maka diadakan rapat sebuah Panitya Perguruan Tinggi pada tanggal 20 Mei 1949 dipendopo. Kepatihan Jogjakarta, dipimpin oleh dokter Sutopo jang dihadliri oleh Sri Sultan Hamengku Buwono, Praf. Prijono, Prof. Dr. Sardjito, Prof. Ir. Wreksodiningrat, Ir. Harjono, tuan Sugardo Wakil Kementerian P.P. dan K. dan Mr. Slamet Sutikno sebagai ahli keuangan. Panitya dapat menetapkan bahwa berhubung dengan akan dibentuknya Negara Federal Republik Indonesia, menjetudjui adanja Perguruan Tinggi Federal, asal tidak mengurangi hak Negara Bagian untuk menjelenggarakan perguruan Tinggi sendiri, sebagai konsekwensi dari kembalinja Perguruan Tinggi.
Prof. Dr. M. Sardjito djuga turut menjetudjuinja, tetapi lebih dulu akan menindjau kembali kemungkinannya, karena Perguruan Tinggi jang dipimpinnja terletak diluar Daerah Republik jang telah dikembalikan, dan jang masih ada peperangan. Disamping itu untuk pegawai-pegawai dan alat-alatnja harus djuga ada tempatnja.
Sesudah beliau kembali ke Klaten untuk membitjarakan kemungkinan-kemungkinan dengan para dosen dan para mahasiswa jang tempatnja berdekatan, maka pemindahan ke Jogjakarta dapat dilaksanakan.
Dalam soal mendapat gedung-gedung, atas kemurahan hati dan pertolongan
Sri Sultan Hamengku Buwono dan kegiatan dokter Sutopo, kesulitan-kesulitan itu dapat lekas diatasinja.
Meskipun cease-fire-order belum diperintahkan tetapi pekerdjaan pemindahan Perguruan Tinggi jang ada di Klaten itu dapat dimulai.
Persiapan dapat berdjalan baik, sehingga pada tanggal 1 Nopember 1949
komplek, Perguruan Tinggi Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi, Pertanian, Kedokteran Hewan dapat dibuka resmi di Kadipaten dihadliri djuga oleh P.J.M. Presiden R.I.S. Ir. Sukarno, sedang pembukaan Fakultas Technik, Akademi Ilmu Politik dan fakultas-fakultas dari Jajasan Balai Perguruan Tinggi Gadjah Mada dilangsungkan pada tanggal 2 Nopember 1949.
Selandjutnja Sekolah Tinggi Hukum Negeri di Solo, oleh Pemerintah djuga
dipindahkan ke Jogjakarta ditugaskan kepada Prof. Mr. Drs. Notonegoro, dan pembukaannja di Jogjakarta dilakukan oleh Kementerian Pendidikan si Dual dan Kebudajaan pada tanggal 3 Desember 1949.
Diwaktu itu fakultas-fakultas masih dibawah Kementerian jang bersangkutan, melainkan fakultas Hukum dan fakultas Kesusasteraan jang masih ditangan Jajasan tersebut diatas.
Untuk perkembangan selandjutnja dirasa lebih baik, bila fakultas-fakultas Negeri itu dipusatkan pada Kementerian Pendidikan Pengadjaran dan Kebudajaan dan fakultas-fakultas dari ,,Jajasan Balai Perguruan Tinggi Gadjah Mada” diserahkan kepada Pemerintah. Penjerahan ini dilangsungkan pada tanggal 7 Desember 1949, dan fakultas Hukum dipersatukan dengan Sekolah Tinggi Hukum Negeri.
Untuk memperkuat kedudukan Universitas, maka diadjukan djuga dalam rapat Kabinet rentjana Peraturan Pemerintah tentang Universitas Negeri Gadjah Mada dengan tudjuan membentuk ,,Manusia Susila” jang ,, Tjakap” dan "Warga Negara jang demokratis serta bertanggung djawab tentang Kesedjahteraan Masjarakat dan Tanah Air, berdasar atas azas-azas Pantjasila dan kenjataan”. Rentjana ini disusun oleh Prof. Mr. Drs: Notonegoro dengan miengingat sepenuhnja resolusi-resolusi dan pembitjaraan-pembitjaraan pada konggres Pendidikan di Surakarta. Pembitjaraan-pembitjaraan jang chusus
